La primera mención a Cinctorres, la encontramos en la Carta de poblamiento de Camarón (Poblado cercano al Mas de las Matas y Castellote) se delimita el término de los dominios que se le otorgan y se habla ya de Quinque Turris, lo cual hace pensar que existe antes de la reconquista de Morella y sus tierras. La carta de poblamiento de Cinctorres se otorgó en 1233.
Por el término existen vestigios de poblados neolíticos, ibéricos, etc. El casco antiguo posiblemente tiene un núcleo musulmán.
Su nombre, posiblemente provenga porque en el casco urbano, o bien en el término existieron cinco torres, aunque el prefijo podría significar «rodeado de torres». El que sí que parece claro es que en el centro del pueblo quedan restos de una torre "Tueste del Cortillo" o Tuesto "de la Villa".